Bonjour,
Je te conseille de lire quelques documents en ligne (Wikipedia ou autre) pour comprendre le principe de fonctionnement de Linux.
De manière résumée, sous Linux on installe des softs soit via le gestionnaire de paquets (aptitude sur Debian et Ubuntu, Pacman et Yaourt sur ArchLinux) soit via les sources que l'on compile soi-même.
Concernant les applications Windows, certaines fonctionnent avec Wine (qui "émule" Windows).
Tu es sur quelle distribution ?