salut Sindbad, 
merci de ton intervention
je te résume car c'est un cas un particulier voire épineux et sensible. Une bonne idée et/ou une expérience vécue serait la bien venu.
Il est vrai que comme je l'ai dit j'ai confondu la mbr et mft. la mbr contient entre autre chose les données relatives au boot et aux partitions et la mft c'est la table d'allocation. Maintenant qu'on est d'accord sur les termes je vais te faire l'historique car çà un peu évolué. Suivant que je regarde ma partition sous windows ou Linux (ici en live cd) j'ai des données qui apparraissent ou pas et surtout pas en entier). Je vais être plus précis dans les lignes qui suivent :
historique :
1- j'avais depuis des années sur plusieurs disques internes ou externes un problème de fiabilité au niveau des répertoires (ou des fois par rapport à des zip ou exe) qui ne s'ouvrait plus.
2 - il y a quelques jours j'ai décidé de régler ce problème .
3- j'ai voulu commencer par le disque dur externe (le dd interne est toujours en l'état et n'a pas évolué et je m'en occuperait plus tard)
4- J'ai donc demander de l'aide et des explication sur ce forum
5- j'ai remarqué que sur testdisk la mft n'était pas identique à sa sauvegarde (testdisk affiche un message). Testdisk me propose alors de copier la sauvegarde sur l'original et vu que j'avais un soucis de répertoire j'ai pensé que çà pouvait le résoudre. Malheur m'en à pris car aujourd'hui j'ai ce soucis de fichiers perdus (en apparence tout du moins).
infos : j'avais tout de même pris la précaution de sauvegarder les partitions. Mais lorsque j'ai fais appel à la sauvegarde, çà n'a rien changé !!
6 - aujourd'hui il en ressort que windows (meme en lancant testdisk) ne me retrouve que très peu de données (avec testdisk) ou meme rien (avec explorer) ou a des difficultés à trouver la partition (windows). Si j'y arrive elle perd le nom d'origine et n'arrive la plupart du temps pas à l'ouvrir ou à afficher les propriétés.
Il y a Charles qui m'a orienté vers un live cd de Linux. J'ai essayé et j'arrive à retrouver 3 Go de données sur 36 go au départ. C'est beaucoup mieux mais c'est pas suffisant.
La bonne nouvelle c'est que en cliquant sur propriété au niveau du répertoire (et non de l'ensemble des fichiers à droite) il me compte 36 Go. Pourquoi ? Il doit bien me le lire quelque part. Mais où ?
Quel logiciel peut me lire à cet endroit ?
7- J'ai fait un test avec GETDATABACK FOR NTFS. Il est excellent mais il est payant et je ne compte pas l'acheter. Il a la particularité de directement lire les données à leur emplacement sur le disque et non sur la mft comme le font tous les logiciels de récupérations de données un peu trops légers.
résultat il m'en trouve beaucoup mais comme je ne peux sauvegarder (payant) je ne peux dire si tout y est.
infos : je n'ai pas fini d'explorer les solutions de Charles.
Voilà pour l'histoirque. Je ne sais pas si çà te parait clair mais au moins çà aura eu le mérite de faire une mise au point.
Si t'as des idées, ne te prive pas. 
Je vois en haut de la page "46 viconautes". OOh les Gas j'ai besoin de vous !! 
salut