salut 
►je viens de faire un petit tour du coté de wikipedia pour m'instruire un peu sur le gpt
http://fr.wikipedia.org/wiki/GUID_Partition_Table
►De toute évidence c'est un standart de partitionnnement qui ne limite pas les partititons comme le faisait la mbr. Il a été créé par intel. Donc c'est intégré à la cm. Je précise évidemment que ce ne sont pas toutes les cm.
Es-tu sûr que la tienne prévoit çà ?
Si c'est le cas soit c'est modulable dans le bios soit tu n'a pas le choix. Donc peut-etre il faut que tu mettes le pilote de ta carte mère et de ton bios à jour. Tu dois avoir le cd d'installation du pilote qui doit venir avec ton pc. sinon va sur le site du constructeur et d'intel.
►quel est le modèle de ta carte mère ?
modèle du bios ?
quel os as-tu ? en 32 bit ou 64 bit ?
► question importante :
as-tu deux disque dur ou deux partitions ? si c'est le cas il faut que tu vérifies si le 2 disque dur ou la 2 partitions est formaté en mbr . En effet il semblerait (si j'en juge par wikipedia) que la priorité est donné au boot mbr et non au gpt. Ce qui semblerait expliquer ton cas.
► question : tu as un pc plutot "GPT sur PC/BIOS" ou "GPT sur EFI/UEFI" ? C'est interessant si on veut comprendre le fonctionnement (ref : wikipedia)
►autre suggestion : regarde la manoeuvre sur le mode d'emploi de la cm.
salut