Salut, 
si on part sur l'hypothèse du virus :
il faut que tu passes aussi un anti-malware type malwarebyte mis à jour . Je te conseille aussi de faire un anti-virus de boot type kaspersky rescue cd. (lancement via un cd. Des fois il ne s'agit pas de passer un anti-virus car les malwares sont bien caché et peuvent dormir durant un long moment et réapparaitre que de temps en temps.
si on part du principe possible d'un disque dur un peu défectueux :
► je te conseille de télécharger l'utilitaire de la marque du disque (sur le site du constructeur) pour vérifier ton disque.
► je te conseille avant tout de rentre dans la console de récupération et de faire chkdsk /p /r
► si tu avais un soucis un peu plus sérieux télécharge hdd regenerator (c'est un shareware) qui va te récupérer certains secteurs défectueux sans que tes données en souffre. Il fait un formatage bas niveau sur les secteurs qui en ont besoin.
► Essaye tout çà car c'est dommage que tu sois obligé de tout réinstaller d'autant qu'il faudra que tu sauvegardes tes données ailleurs... vavec le virus peut-être dedans !! 
salut