salut, 
si tu lances chkdsk /f /R à partir de windows il redémarrera automatiquement widows car c'est la partition système. Ton chkdsk se fera au redémarrage juste après le logo windows (avec la barre de lancement win).
si tu n'arrives pas à le faire car windows ne redémarre pas il faut que tu bootes sur ton cd de windows ou à partir de ta partition de récupération exprès pour çà si tu en as une.
Si tu fais à partir du cd il faut que dans le 1e menu du fasse (R" pour accéder à la ligne de commande qui te permettra de faire ce que je te dis (chkdsk /p /r et fixboot). Tu remarqueras que ce n'est plus chkdsk /F /r mais chkdsk /P /r. C'est tout à ait normal.
De manière générale (et pas forcément pour ton cas aujourd'hui) tu peux démarrer sur un cd de linux qui se charge en mémoire, il y a aussi des utilitaires qui sont sur ubcd (voir le site) ou Sardu (lancement d'anti-virus, linux, utilitaires au démarrage) et Bart PE qui permet de lancer sous environnement win des utilitaires. Voilà pour l'info générale.
Au début tu parlais de "bonne configuration connue" : cela ne marche que pour retrouver la config de la dernière fois que tu as éteinds correctement ton pc. En effet les données s'inscrive par défaut lors de l'instinction du pc et windows appelle çà la "bonne configuration" car il n'est pas censé savoir qu'il y a un beug. Donc si tu as planté ton pc d'un coup tu peux toujours t'en servir sinon c'est rapé.
tu parle de redémarrage san s échec réussi. C'est une bonne nouvelel car cela signifie que c'est un soucis de pilote ou logiciel mal installé ou en conflit. Regarde si tu n'a pas installé un logiciel apparament anodin ou voulu mettre à jour le pilote. Désinstalle ces logiciels ou pilotes.
salut