Bon, j'ai une solution, le seul souci, c'est qu'à l'avenir, tous tes logiciels qui tenteront de se placer au démarrage ne pourront plus le faire (sauf si tu remets les droits bien entendu). Je t'explique la procédure :
Retourne dans msconfig supprimer à nouveau ton programme au démarrage, valide par Ok, ne redémarre pas ton ordinateur.
Clique sur démarrer, Exécuter, tape "regedit". Va à la clé suivante :
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Fais un clic droit sur cette clé Run (sur le dossier) puis choisis
Autorisations.
Clique sur le bouton
Avancé
La liste des utilisateurs s'affiche. Pour chacun des utilisateurs disponibles, clique sur le bouton
Modifier.
Coche la case Refuser en face de tout ce qui concerne l'écriture des données (attention, ne refuse pas la lecture, sinon ça risque de pas trop le faire 
Clique sur Ok et procède pour tous les utilisateurs. Tu prendras ensuite soin de noter cette procédure pour réattribuer les droits en écriture le jour où tu installes des programmes qui ont besoin de se lancer au démarrage.